Przez sześć lat dowodził obecną 6. Brygadą Powietrznodesantową w Krakowie. Od sierpnia 2004 do lutego 2005 dowodził Grupą Bojową w republice Iraku.
Generał Wójcik zostanie zapamiętany jako obrońca żołnierzy spod Nangar Khel. "Rzeczpospolita, która ich wysłała na wojnę, powinna tych żołnierzy traktować z pewnym respektem i szacunkiem. A wsadziła ich do więzienia. W innych armiach taka sytuacja nie miałaby miejsca" - mówił Jerzy Wójcik.
Jako dowódca konsekwentnie bronił dobrego imienia swoich żołnierzy. Za wypowiedzi do prasy został w 2008 r. odwołany przez ówczesnego Ministra Obrony Narodowej Bogdana Klicha i odesłany do rezrewy kadrowej. Był inicjatorem powstania Centrum Pomocy Społeczno-Psychologicznej dla żołnierzy cierpiących na syndrom stresu bojowego.
Generał Jerzy Wójcik od roku chorował na stwardnienie zanikowe boczne.
(Ewa Szkurłat/ew)
