Pustynia Błędowska jest częścią Parku Krajobrazowego Orlich Gniazd, użytkiem ekologicznym oraz Specjalnym Obszarem Ochrony Siedlisk Europejskiej Sieci Ekologicznej Natura 2000. I to dzięki tej ostatniej - Pustynia zyskała drugie życie. Dzięki unijnym środkom żołnierze i przyrodnicy powstrzymali zarastanie i niszczenie terenu zaliczanego do jednego z najcenniejszych w Europie. Wykarczowano karłowate laski brzozowo-sosnowe oraz zarośla samosiewów sosnowych. Dzięki temu na Pustynię powróciły chronione w całej Unii siedliska ciepłolubne i murawy napiaskowe.
Projekt "Kompleksowa ochrona nieleśnych siedlisk przyrodniczych na terenach wojskowych w obszarze Natura 2000 " był finansowany przez program LIfe + i Narodowy Fundusz Ochrony Środowiska. Jego koszt to ponad 9 milionów złotych. Dzięki działaniom ochronnym wojsko ma do dyspozycji już 366 hektarów pustyni, a nie - jak dotychczas - 84. Usunięto również ponad 9,5 tysiąca sztuk przedmiotów wybuchowych i niebezpiecznych.