Maciej Prus ukończył studia na Wydziale Aktorskim w Państwowej Wyższej Szkole Teatralnej w Krakowie (1961), a Wydział Reżyserii Państwowej Wyższej Szkoły Teatralnej w Warszawie, w 1968 r. Na początku lat 60. dołączył do zespołu Starego Teatru w Krakowie. Później - oczarowany "Kordianem" związał się z Jerzym Grotowskim i jego Teatrem Laboratorium 13 Rzędów w Opolu.
Jako reżyser Maciej Prus zadebiutował sztuką "Pierwszy dzień wolności" Leona Kruczkowskiego w Bałtyckim Teatrze Dramatycznym w Koszalinie - Słupsku. Na początku lat 70. Maciej Prus realizował spektakle w warszawskim Teatrze Ateneum i Teatrze im. Wojciecha Bogusławskiego w Kaliszu. W latach 80. był związany przede wszystkim z warszawskim Teatrem Dramatycznym i łódzkim Teatrem im. Stefana Jaracza.
W latach 90. Maciej Prus dwukrotnie wystawiał "Wyzwolenie" Stanisława Wyspiańskiego, a także powrócił do wystawiania literatury romantycznej. Chętnie realizował też sztuki Witkacego i Szekspira. Powstały wówczas przedstawienia "Ryszarda III" i "Straconych zachodów miłości" w warszawskim Teatrze Polskim. W 2003 roku w Teatrze Nowym w Łodzi Maciej Prus podjął się przygotowania premiery Hamleta, nieukończonego przed śmiercią przedstawienia w reżyserii Kazimierza Dejmka.
Maciej Prus za dokonania artystyczne był odznaczony Srebrnym i Złotym Krzyżem Zasługi oraz Medalem Gloria Artis. Był laureatem kilkudziesięciu nagród teatralnych, między innymi: nagrody Ministra Kultury i Sztuki (1973), nagrody im. Konrada Swinarskiego za sezon 1978/1979, za reżyserię spektaklu Noc listopadowa Wyspiańskiego w Teatrze Dramatycznym w Warszawie, nagrody głównej 16. Opolskich Konfrontacjach Teatralnych, za inscenizację Wyzwolenia Stanisława Wyspiańskiego w Teatrze im. S. Jaracza w Łodzi, nagrody Złoty Yorick za Stracone zachody miłości Szekspira w Teatrze Polskim w Warszawie jako najlepszego przedstawienia szekspirowskiego w sezonie 1993/94, jego spektakle zdobywały również nagrodę Złotej Maski (2003, 2005).