Pożar w świątyni wybuchł nad ranem w niedzielę, 16 czerwca. Ogień poważnie uszkodził konstrukcję i cenne wyposażenie kościoła. Strażacy starali się uratować najcenniejsze elementy, ale nawet te, które udało się wynieść, są w większości nadpalone.
Wnętrze kościoła zostało zalane wodą w wyniku gaszenia pożaru. Wyposażenie pochodziło z XVI, XVII i XVIII w. Małopolski Wojewódzki Konserwator Zabytków złoży w sprawie pożaru zawiadomienie do prokuratury. Obiekt wpisany jest do rejestru zabytków.
Z wnętrza świątyni strażacy wynieśli między innymi tabernakulum z Najświętszym Sakramentem, ołtarz główny i dwa ołtarze boczne oraz zabytkowe obrazy pochodzące z XVI, XVII i XVIII wieku.
Straty oszacowano wstępnie na milion zł. Strażacy zakazali wstępu na teren kościoła, uznając, że napalony dach i ściany grożą zawaleniem. Nadal nie wiadomo, czy obiekt uda się uratować.
Wybudowany w 1686 roku kościół pod wezwaniem Świętej Heleny w Nowym Sączu posiada drewnianą, zrębową konstrukcję.