Wiele osób wskazuje jako największy problem miasta dziką zabudowę i wszechobecne paskudne apartamentowce. Paweł Skawiński, przyrodnik i przewodnik tatrzański przyznaje, że trudno porównywać dawne i obecne Zakopane. "Pamiętam Zakopane z lat 50. Były szutrowe drogi, droga do Morskiego Oka nie była asfaltowa. Widzę, jak to wygląda teraz. Jest wielka różnica. Nastąpiło przeurbanizowanie miasta, ale jak patrzę z Tatr na Zakopane, miasto ciągle z góry jest skryte wśród zieleni. Obyśmy mieli zieleń. Budownictwo w Zakopanem jest niskie i na szczęście nie konkuruje z wysokimi drzewami" - dodaje.
Niestety Zakopane wciąż nie radzi sobie z deweloperami, którzy zabudowują każdą wolną działkę ogromnymi i najczęściej szpetnymi budynkami. Znikają wolne przestrzenie, a zabudowa zbliża się coraz bliżej granic Tatrzańskiego Parku Narodowego. Brak ładu architektonicznego to jedna z najczęściej wymienianych wad jeśli chodzi o stolicę Tatr.
Kolejne to wszechobecne w sezonie korki, kłopoty komunikacyjne oraz drożyzna. Trwa również dyskusja jeśli chodzi o rolę miasta na mapie kulturalnej Polski.