Dom Gotycki powstał na przełomie XV i XVI w. i przez trzy kolejne wieki pozostawał własnością kolegiaty św. Małgorzaty. Po przejęciu przez zaborców austriackich trafił w ręce prywatne, a po wojnie został znacjonalizowany przez władze PRL. W 1965 roku budynek stał się główną siedzibą muzeum.
- Oprócz stałej ekspozycji i czasowych wystaw są w nim także magazyny z najcenniejszymi zbiorami. Najcenniejsza część tych zbiorów to ikony. Ikona Karpacka jest na przykład takim ambasadorem naszego muzeum i Sądeczyzny - mówi dyrektor Muzeum Okręgowego w Nowym Sączu, Robert Ślusarek.
W zbiorach są również najstarsze dokumenty związane z pierwszymi wiekami istnienia Nowego Sącza. Po wyprowadzce z Domu Gotyckiego główną siedzibą muzeum pozostanie przejęty w 2018 roku budynek przy ulicy Jagiellońskiej 56.
Przyszłość Domu Gotyckiego nie jest na razie znana. Parafia św. Małgorzaty nie zdradziła jak dotąd swoich planów.