Niemcy wkroczyli do Oświęcimia 3 września 1939 r. W październiku miasto zostało wcielone do III Rzeszy. Wówczas zmieniona została jego nazwa. Niemcy rozwiązali władze miejskie, w których znaczną część stanowili Żydzi. Cywilnym zarządcą komisarycznym został Rudolf Skaletz.

Dla społeczności żydowskiej początek okupacji był zarazem rozpoczęciem najtragiczniejszego rozdziału w ich historii. W wyniku całkowitego zakazu handlu obowiązującego kupców żydowskich dramatycznemu pogorszeniu uległa ich sytuacja ekonomiczna i sanitarna, zaopatrzenie w żywność i artykuły pierwszej potrzeby.

Nocą z 29 na 30 listopada 1939 r. Niemcy spalili Wielką Synagogę. Z końcem grudnia nakazali nosić Żydom na lewym ramieniu opaski z Gwiazdą Dawida. Codziennie około 120-200 osób było kierowanych do prac przymusowych. Od początku maja 1940 r., na wniosek komendanta przyszłego KL Auschwitz Rudolfa Hoessa, około 250-300 mężczyzn porządkowało teren byłych koszar, w których miał być zlokalizowany obóz koncentracyjny powstający, by więzić Polaków. Wiosną 1940 r. skonfiskowano przedsiębiorstwa, fabryki i sklepy należące do oświęcimskich Żydów. Objęli je niemieccy zarządcy.

Jesienią 1940 roku Niemcy przeprowadzili spis ludności. Miasto liczyło 11,2 tys. mieszkańców, w tym 7613 Żydów. Oświęcim stał się miejscem koncentracji ludności żydowskiej. Przesiedlono ich z Andrychowa, Bielska, Białej, Brzeszcz, Cieszyna, Czechowic, Dziedzic, Jawiszowic, Jaworza, Katowic, Kęt, Królewskiej Huty, Mysłowic i Żywca.

Oświęcimskie Centrum Żydowskie podało, że koncentracja ludności żydowskiej miała związek z wytycznymi władz niemieckich, ale częściowo też z działalnością Centralnego Biura Emigracyjnego w Oświęcimiu i z planami masowej emigracji (do Palestyny – PAP) z rejencji katowickiej. Dążył do tego Leon Schoenker, zwierzchnik rady starszych. Akcja zakończyła się fiaskiem.

Lucyna Filip w książce „Żydzi w Oświęcimiu 1918-1941” wspomniała, że 26 lutego 1941 roku zwierzchnik SS Heinrich Himmler wydał zarządzenie o wysiedleniu ludności żydowskiej miasta do gett w Chrzanowie, Będzinie i Sosnowcu. Mieszkania, które zajmowali, były potrzebne robotnikom budującym zakłady Buna.

„Akcja wysiedleńcza rozpoczęła się 9 marca 1941 roku. Pierwsze transporty skierowano do Chrzanowa” – podała Filip. Kolejne deportacje zostały przeprowadzone od 2 do 7 kwietnia. Niemcy wywieźli wówczas do Będzina i Sosnowca ponad 5 tys. osób.

Lucyna Filip wskazała, że przed deportacją Żydów koncentrowano w różnych miejscach miasta. Główny punkt znajdował się na Rynku. Niemcy zezwolili im na zabranie całego dobytku. Większość Żydów nie była jednak w stanie opłacić transportu. Od dawna nie zarabiali. Niemcy kazali im też oddać wszystkie wartościowe przedmioty, jak futra, dywany, biżuterię. Przejmowali ten majątek.

Getta zostały zlikwidowane między kwietniem 1942 r. a sierpniem 1943 r. Większość wywiezionych do nich żydowskich mieszkańców Oświęcimia została zgładzona w utworzonym w ich rodzinnym mieście KL Auschwitz.

Hitlerowcom udało się zrealizować swój plan. Oświęcim, ich Auschwitz, stał się, jak to określano, Judenrein (oczyszczony z Żydów). Tak prężnie działająca gmina Żydowska przestała istnieć. Po wyzwoleniu, z ponad 7-tys. społeczności (…) powrócili do Oświęcimia nieliczni (186 – PAP). Wśród nich znaleźli się: Leon Schoenker, rabin Kuppermann, Mosze Goldberg. Podjęli decyzję o pozostaniu i odbudowaniu gminy. (…) To się nie powiodło

– napisała Lucyna Filip.

Żydzi po wojnie wyemigrowali. Pozostał tylko jeden – Szymon Kluger. Zmarł w 2000 r. i spoczął na oświęcimskim kirkucie. Jego dom, podobnie jak stojąca obok ostatnia synagoga w mieście, jest dziś sercem Centrum Żydowskiego.

Żydzi mieszkali w Oświęcimiu od drugiej połowy XVI wieku. Miasto nazywali je Oszpicin.