O budynek od kilku lat trwa spór. Zdaniem miasta Związek Legionistów Polskich zajmował go nielegalnie. W oddaleniu pozwu sąd uznał, że roszczenia nie mają podstaw. Muzeum, które działało w budynku, nie było dostępne dla zwiedzających, zbiory można było obejrzeć po umówieniu się z komendantem związku.
W ubiegłym roku Ministerstwo Kultury po przeprowadzonej kontroli zakazało działalności Muzeum Czynu Niepodległościowego. Nakazało przekazać zgromadzone zbiory do Muzeum Narodowego.