Wierzymy, że Jan Paweł II – mimo że nie został profesorem, nie mógł w pełni realizować swojej kariery naukowej – przez swój pontyfikat także w wyjątkowy sposób realizował posługę myślenia w Kościele. Wiemy, jak rys intelektualny był ważny w jego pontyfikacie –  mówił kustosz papieskiego sanktuarium ks. Tomasz Szopa zaznaczając, że szczególnym wyrazem posługi myślenia i wielkiego dorobku intelektualnego Karola Wojtyły jest istnienie Uniwersytetu Papieskiego Jana Pawła II w Krakowie, który już tradycyjnie rok akademicki inauguruje w sanktuarium dedykowanym swojemu patronowi w dniu jego wyboru na Stolicę Piotrową.

Nawiązując do poety Friedricha Hölderlina i filozofa Martina Heideggera abp Marek Jędraszewski w czasie homilii zaznaczył, że dziś „marność zdaje się osiągać takie poziomy, które budzą lęk i zagubienie”. – Jak można być człowiekiem w tym dzisiejszym tak zwanym postępowym świecie? W świecie, w którym człowiek ma żyć bez wiary, „jakby Boga nie było”; ma żyć wyrzekając się rozumu, w epoce ogłoszonej jako czas „post-prawdy”, w epoce, w której pragnie się budować sukces polityczny i poparcie społeczeństwa bardzo często opierając swój program na fake newsach a niekiedy wprost na ordynarnych kłamstwach. Jak żyć w czasach, w których nie rozum ma decydować o sile argumentów, ale emocje? – stawiał pytania.

Odnosząc się do liturgii Słowa metropolita krakowski zwrócił uwagę na konieczność życia wiarą i rozumem. Podkreślił, że nie ma większego upokorzenia dla zdolności poznawczych człowieka niż odwrócenie się od Boga i niegodziwe postępowanie. W tym kontekście, za św. Pawłem, arcybiskup przywołał związki homoseksualne, które zaprzeczają godności własnego człowieczeństwa. – Żyć, będąc otwartym na Boga. Żyć, szukając klucza do własnego człowieczeństwa w Jezusie Chrystusie – mówił abp Marek Jędraszewski, nawiązując do homilii inaugurującej pontyfikat Jana Pawła II, w której Ojciec Święty apelował o otwarcie się na Jezusa Chrystusa.

Dlaczego ludzie odwracają się od Jezusa Chrystusa, a ich życie staje się jednym wielkim ośmieszeniem własnego rozumu? Cytując „Pamięć i tożsamość” Jana Pawła II arcybiskup zwrócił uwagę, że dzieje się tak dlatego, że „odrzucono Boga jako Stwórcę” i „pojęcie natury ludzkiej jako rzeczywistości, zastępując ją wytworem myślenia dowolnie kształtowanym i dowolnie zmienianym według okoliczności”.

Metropolita odwołał się też do papieskiej encykliki „Fides et ratio”, w której Ojciec Święty wskazywał drogę, by „nie tylko ratować człowieczeństwo, ale by je uwznioślać”. Zaznaczył, że w człowieku są dwa wielkie uzdolnienia, które musi uznać i którymi musi się posługiwać – rozum i wiara. Korzystając z tych dóbr duchowych powinien kontemplować prawdę, która wzniesie go do Prawdy, którą jest Bóg. W świetle Boga, który powołał wszystko do istnienia, który jest dobry, który jest samą pięknością, należy spojrzeć na człowieka. – To jest klucz do ocalenia człowieka. To jest droga, którą powinien kroczyć, aby osiągać szczyty swojego powołania, do jakiego został wezwany w chwili stworzenia – mówił abp Marek Jędraszewski i dodawał, że taka droga pozwala zrozumieć, co znaczy ziemia, z której się wyrasta, tradycja, z której się czerpie, tożsamość, jaką się kształtuje.

W tym kontekście odwołał się do papieskiego przemówienia do UNESCO z 2 czerwca 1980 r. oraz fragmentu „Pamięci i tożsamości”. – Doświadczanie i pogłębianie wiary, szacunek i upominanie się o godność ludzkiego rozumu, doświadczenie własnej ojczyzny, coraz bardziej mądre wracanie do jej historii, do zobowiązań, które na nas spoczywają, sięgając do przeszłości, do ufnego wychylenia się w przyszłość, by prowadzić dialog z całym światem – oto największe zadania, jakie stoją przed profesorami, nauczycielami akademickimi i młodzieżą Uniwersytetu Papieskiego Jana Pawła II – mówił metropolita krakowski podkreślając konieczność wdzięczności wobec Boga za Jana Pawła II i zgłębiania jego nauczania. – Wsłuchują się w jego głos, pogłębiając znajomość jego nauczania będziemy mogli być świadkami nie marnego czasu, ale autentycznego humanizmu, który pociąga innych, chrześcijańskiego humanizmu – zakończył arcybiskup.

– Wspólnota akademicka Uniwersytetu Papieskiego Jana Pawła II przychodzi zawsze i chętnie do tego sanktuarium, dlatego że tutaj czujemy się jak w domu – w domu Jana Pawła II. Czujemy, że on prowadzi nas i trzyma mocno za rękę – mówił ks. prof. Robert Tyrała. – Jesteśmy pewni, że „fides et ratio” jest naszym zadaniem. […] Oby ten nowy rok akademicki był rokiem podążania śladem Jana Pawła II dla nas wszystkich – wyrażał nadzieję na zakończenie liturgii rektor papieskiej uczelni w Krakowie.

Z okazji 40-lecia istnienia uczelni o duchowej jedności zapewnił społeczność akademicką papież Franciszek. W liście podpisanym przez Sekretarza Stanu kard. Pietro Parolina Ojciec Święty życzy, aby „kolejne lata działalności Uniwersytetu były czasem owocnego studium prawdy, nabywania wiedzy i twórczego stosowania jej w życiu osobistym i społecznym, dla dobra ludzi i na chwałę Boga”.

Mszę św. z abp. Markiem Jędraszewskim koncelebrowali metropolita senior kard. Stanisław Dziwisz, abp Salvatore Pennacchio, nuncjusz apostolski w Polsce, metropolita częstochowski abp Wacław Depo, rzeszowski biskup pomocniczy Edward Białogłowski oraz bp Jan Zając. Władze świeckie reprezentowali minister Piotr Ćwik z kancelarii prezydenta RP oraz sekretarza stanu w Ministerstwie Rozwoju i Technologii Andrzej Gut-Mostowy.