Przystanek Kraków Kościelniki będzie zlokalizowany w sąsiedztwie skrzyżowania ulic Igołomskiej i Czeczeńskiej. W ramach inwestycji wybudowane będą dwa dwustumetrowe perony, wyposażone w system nagłośnienia, wiaty, ławki i tablice informacyjne.
Również dwa perony powstaną w sąsiedztwie przejazdu kolejowo-drogowego przy ulicy Rzepakowej. Przystanek Kraków Przylasek będzie się znajdował niedaleko Przylasku Rusieckiego - popularnego miejsca letniego odpoczynku nad wodą.
Dojście do peronów będzie miało dodatkowe ścieżki naprowadzające dla osób niewidomych i niedowidzących.