Studia odbył w krakowskiej ASP, w Pracowni Malarstwa prof. Hanny Rudzkiej-Cybis oraz Pracowni Grafiki prof. Mieczysława Wejmana i Konrada Strzednickiego. Dyplom z wyróżnieniem uzyskał w 1968 r. W roku akademickim 1966/67 odbył staż w Ecole de Beaux Arts w Paryżu w Pracowni prof. Lucien’a Cautauda. Był członkiem Grupy Krakowskiej oraz członkiem zwyczajnym Związku Polskich Artystów Plastyków, zrzeszony od 1968 r. Zasłużony dla ZPAP – autor programów działania Związku, uczestnik zjazdów, komisarz licznych wystaw związkowych.
Zasłużony Działacz Kultury – współorganizator pisma poświęconego sztuce „Sezon”, autor szeregu publikacji, referatów, recenzji, wstępów do katalogów, artykułów prasowych oraz tekstów do Zeszytów Naukowych. Wydawca publikacji naukowych, takich jak: „Obrazowanie w sztuce i grafice komputerowej” oraz „Rodzaje obrazowania w grafice krakowskiej”. Był pomysłodawcą i członkiem redakcji pisma „Wiadomości ASP”, stypendystą Rządu Francuskiego, Fundacji Kościuszkowskiej w Nowym Jorku i Fundacji Fullbright’a. Jako visiting prowadził zajęcia na Wydziale Sztuki w New York Institute of Technology oraz w Uniwersytecie Stanu Connecticut w Storrs. To staranne przygotowanie zawodowe owocowało, nie tylko w pracy pedagogicznej, ale również w profesjonalnym prowadzeniu uczelni w charakterze rektora.
W Akademii Sztuk Pięknych im. J. Matejki w Krakowie pracował jako nauczyciel akademicki od 1975 r., zajmując kolejne stanowiska, od asystenta do profesora zwyczajnego w 1996 r. Tytuł naukowy profesora sztuk plastycznych uzyskał w 1992 r. Przez dwie kadencje, od 1996 do 2002 r. był prorektorem – I zastępcą rektora, zaś w latach 2002 do 2008 r. rektorem uczelni. Jako kierujący uczelnią wykazał niezwykłe umiejętności menedżerskie.
Profesor Jan Pamuła angażował się w organizację Biennale Grafiki, był wiceprezesem Stowarzyszenia Międzynarodowego Triennale Grafiki w Krakowie. Był uczestnikiem kilkudziesięciu wystaw indywidualnych i kilkuset zbiorowych w kraju i za granicą, w większości znanych galerii Europy, Stanów Zjednoczonych, Japonii. Laureatem wielu konkursów, m.in. otrzymał prestiżową nagrodę im. W. Wojtkiewicza.