Pan Profesor jest pełnomocnikiem prorektora UJ Collegium Medicum do spraw pomocy humanitarnej. Od ponad 20 lat działa charytatywnie. Był twórcą misji medycznej do Gruzji, Specjalistycznego Szpitala Polowego na Rynku w Krakowie dla Osób Potrzebujących. Założył i prowadzi Fundację Centrum Dobroczynności Lekarskiej, której jednym z projektów jest Doctors Africa.
Prof. Bartłomiej Guzik jest także członkiem Związku Polskich Kawalerów Maltańskich.