Po rozwiązaniu przez gen. Leopolda Okulickiego „Niedźwiadka” Armii Krajowej 19 stycznia 1945 r. jej rolę miała przejąć organizacja „NIE”. Gdy w marcu tego roku Okulicki został aresztowany przez NKWD, „NIE” uznano za strukturę zdekonspirowaną i rozkazem p.o. Naczelnego Wodza gen. Władysława Andersa zlikwidowano 7 maja 1945 r. Jeszcze tego samego dnia Anders powołał Delegaturę Sił Zbrojnych na Kraj z płk. Janem Rzepeckim na czele. Przejął on struktury „NIE” oraz zlikwidowanej AK. Kiedy w czerwcu 1945 r. powstał w Moskwie uznany przez mocarstwa zachodnie Tymczasowy Rząd Jedności Narodowej, na wniosek płk. Rzepeckiego doszło do likwidacji DSZ.

Największą zakonspirowaną organizacją niepodległościową po wojnie było Zrzeszenie „Wolność i Niezawisłość”, które powstało 2 września 1945 r. Jego pierwszym prezesem był płk Rzepecki. Jak szacują historycy, przez szeregi „WiN” przeszło ok. 30 tys. działaczy i żołnierzy. Łącznie, przez ponad pięć lat działalności, funkcjonowały cztery zarządy główne organizacji. Zrzeszenie stało się najważniejszym celem do zwalczenia dla komunistycznych służb bezpieczeństwa.

„Żołnierze Wyklęci to przede wszystkim ludzie kontynuujący walkę o niepodległość Polski, którzy zaczynali ją toczyć bardzo często na początku II wojny światowej. Stwierdzenia, że mówimy o drugiej konspiracji albo konspiracji powojennej, są określeniami ahistorycznymi i nienaukowymi. Konspiracja, którą określamy mianem Żołnierzy Wyklętych, to konspiracja niepodległościowa o obliczu antykomunistycznym, która wcale nie zaczęła się po zakończeniu II wojny, tylko w sposób płynny zmieniła swoje oblicze z oblicza antyniemieckiego właśnie na antykomunistyczne. W mojej opinii stało się to w połowie 1943 r., po zerwaniu stosunków dyplomatycznych przez sowiecką Rosję z rządem polskim na uchodźstwie. Jeżeli mamy w przestrzeni publicznej próby przeciwstawiania etosu żołnierzy Armii Krajowej etosowi Żołnierzy Wyklętych, to jest to również całkowicie nienaukowe stwierdzenie, bo mówimy tak naprawdę o jednym i tym samym środowisku” – powiedział w rozmowie z PAP dr Tomasz Łabuszewski, szef Biura Badań Historycznych IPN w Warszawie.

Powojenna konspiracja niepodległościowa była – aż do powstania „Solidarności” – najliczniejszą formą zorganizowanego oporu społeczeństwa polskiego wobec narzuconej władzy. Według niepewnych danych MSW z lat siedemdziesiątych w okresie 1945–1955 śmierć z bronią w ręku poniosło ok. 9 tys. członków konspiracji. Szacunki te są jednak niepełne, a opór był z pewnością liczbowo znacznie wyższy.

Walcząc z siłami nowego agresora, żołnierze niepodległościowi musieli się zmierzyć z ogromną, wymierzoną w nich propagandą Polski Ludowej, która nazywała ich „bandami reakcyjnego podziemia”. Natomiast osoby działające w antykomunistycznych organizacjach i oddziałach zbrojnych, które znalazły się w kartotekach aparatu bezpieczeństwa, określono mianem „wrogów ludu”.

Sformułowanie „Żołnierze Wyklęci” powstało w 1993 r., kiedy po raz pierwszy użyto go w tytule wystawy „Żołnierze Wyklęci – antykomunistyczne podziemie zbrojne po 1944 r.”, zorganizowanej przez Ligę Republikańską na Uniwersytecie Warszawskim. Jego autorem był Leszek Żebrowski. Stanowi ono bezpośrednie odwołanie do listu otrzymanego przez wdowę po jednym z żołnierzy podziemia, w którym, zawiadamiając o wykonaniu wyroku śmierci na jej mężu, dowódca jednostki wojskowej pisze o nim: „Wieczna hańba i nienawiść naszych żołnierzy i oficerów towarzyszy mu i poza grób. Każdy, kto czuje w sobie polską krew, przeklina go – niech więc wyrzeknie się go własna jego żona i dziecko”. Wyrażenie „żołnierze wyklęci” upowszechnił Jerzy Ślaski (1926–2002), publikując w 1996 r. książkę pod takim właśnie tytułem.

Przełom, jaki przyniósł rok 1989, nie od razu przyczynił się do przywrócenia społecznej pamięci o postaciach antykomunistycznego, niepodległościowego podziemia. Przez lata pozostawały bez odpowiedzi starania środowisk kombatanckich, organizacji patriotycznych, stowarzyszeń naukowych, przyjaciół rodziny tych, którzy byli członkami antykomunistycznego podziemia.

Apele środowisk kombatanckich zaczęły zyskiwać coraz większe poparcie w drugiej połowie pierwszej dekady XXI w. Janusz Kurtyka, ówczesny prezes IPN, pod koniec 2005 r. nadał tym staraniom silny impuls.

19 listopada 2008 r., podczas spotkania w Instytucie Historycznym Uniwersytetu Wrocławskiego, z udziałem wiceprezydenta Opola Arkadiusza Karbowiaka i pełnomocnika wojewody opolskiego ds. kombatantów i osób represjonowanych Bogdana Bocheńskiego, postanowiono w Opolu zorganizować 1 marca 2009 r. Dzień Żołnierza Antykomunistycznego. W liście do prezydenta Opola Ryszarda Zembaczyńskiego Janusz Kurtyka pisał: „Uroczystość oddania hołdu członkom zbrojnych organizacji niepodległościowych, walczących po II wojnie światowej z organami komunistycznego państwa, powinna wpisać się na stałe do kalendarza uroczystości państwowych”.

28 lutego 2009 r. z inicjatywy prezesa Janusza Kurtyki i Jerzego Szmida na I Walnym Zgromadzeniu Stowarzyszenia NZS 1980 została podjęta uchwała popierająca inicjatywę Światowego Związku Żołnierzy Armii Krajowej, aby 1 marca ustanowić dniem Żołnierzy Wyklętych.

Zdecydowanego poparcia idei Dnia Pamięci udzielał prezydent Lech Kaczyński. To on ostatecznie skierował w lutym 2010 r. do Sejmu projekt ustawy w tej sprawie. „Narodowy Dzień Pamięci Żołnierzy Wyklętych ma być wyrazem hołdu dla żołnierzy drugiej konspiracji za świadectwo męstwa, niezłomnej postawy patriotycznej i przywiązania do tradycji niepodległościowych, za krew przelaną w obronie ojczyzny” – napisał. 3 lutego 2011 r. Sejm uchwalił ustawę o ustanowieniu 1 marca Narodowym Dniem Pamięci Żołnierzy Wyklętych. „W hołdzie Żołnierzom Wyklętym – bohaterom antykomunistycznego podziemia, którzy w obronie niepodległego bytu Państwa Polskiego, walcząc o prawo do samostanowienia i urzeczywistnienie dążeń demokratycznych społeczeństwa polskiego, z bronią w ręku, jak i w inny sposób, przeciwstawiali się sowieckiej agresji i narzuconemu siłą reżimowi komunistycznemu” – głosiło uzasadnienie ustawy.

Data 1 marca nie jest przypadkowa. Tego dnia w 1951 r. w więzieniu na warszawskim Mokotowie, po pokazowym procesie, między godziną 20.00 a 20.45 strzałem w tył głowy zostali rozstrzelani przywódcy IV Zarządu Głównego Zrzeszenia „Wolność i Niezawisłość” – prezes WiN ppłk Łukasz Ciepliński („Pług”, „Ludwik”) i jego najbliżsi współpracownicy. Ciał zamordowanych nie wydano rodzinom. Pogrzebano je w nieznanym do dziś miejscu. Śmierć ponieśli: Łukasz Ciepliński, Adam Lazarowicz, Mieczysław Kawalec, Józef Rzepka, Franciszek Błażej, Józef Batory i Karol Chmiel.

W 1992 r. Sąd Warszawskiego Okręgu Wojskowego unieważnił wyrok Sądu Rejonowego w Warszawie z 14 października 1950 r. 3 maja 2007 r. prezydent Lech Kaczyński nadał Łukaszowi Cieplińskiemu Order Orła Białego w uznaniu znamienitych zasług dla Rzeczypospolitej.

Data 1 marca 1951 r. symbolicznie zamyka dzieje konspiracji niepodległościowej, zapoczątkowanej 27 września 1939 r., w przededniu kapitulacji oblężonej przez Niemców Warszawy, kiedy to grupa o?cerów WP na czele z gen. Michałem Tokarzewskim-Karaszewiczem zawiązała Służbę Zwycięstwu Polski (później przekształcaną kolejno w Związek Walki Zbrojnej i Armię Krajową, w 1945 r. zaś w Delegaturę Sił Zbrojnych, na bazie której w tym samym roku utworzono WiN).

Członkowie podziemia niepodległościowego działali do 1956 r. Ostatni „leśny” żołnierz ZWZ-AK, a później WiN – Józef Franczak „Lalek” – zginął w czasie obławy przeprowadzonej przez SB i MO w podlubelskim Majdanie Kozic Górnych 21 października 1963 r. Śmierć Franczaka zakończyła kartę zbrojnego oporu antykomunistycznego.

W ciągu ostatnich kilkunastu lat udało się odnaleźć miejsca ukrycia ciał setek żołnierzy powojennego podziemia antykomunistycznego. Wciąż jednak nieznane są liczne miejsca ukrycia śladów zbrodni dokonanych na wielu wybitnych żołnierzach i oficerach walczących z sowiecką okupacją. Wśród nich jest m.in. zamordowany 1 marca 1951 r. Łukasz Ciepliński.